cds序列是什么意思 cds序列和蛋白质序列

cds序列是什么意思

CDS是编码序列(Coding sequence)的缩写.DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应.CDS是编码一段蛋白产物的序列,是结构基因组学术语.开放阅读框ORF是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止密码子打断.当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么.

ccds是综合了许多数据库中的数据之后得到的蛋白的cds.consensus不是指在各个isoform中conserve的部分,而是一个蛋白在各个数据库中一致的数据.据我所知,蛋白的不同亚型有可能是utr不同,但也有可能是splicing不同导致cds不同.所以保险起见,设计引物之前建议还是仔细比对一下各个isoform的sequence.

DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应.

cds序列和蛋白质序列

CDS是编码序列(Coding sequence)的缩写.DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应.CDS是编码一段蛋白产物的序列,是结构基因组学术语.开放阅读框ORF是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止密码子打断.当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么.

你好,很高兴回答阁下的问题!blastp是用氨基酸序列比对蛋白序列数据库,blastn是用核苷酸序列比对核苷酸序列数据库.另外,还有一些比对方法,比如tblastn 是输入核苷酸序列比对蛋白序列数据库,本质都是比对,只是使用时输入和输出序列格式不同. 如阁下所问,如果是对应的氨基酸序列和核苷酸序列,结果应该是一致的. 纯手工书写,如有需要,可进一步追问,希望采纳啊!

有蛋白序列,直接对库做blastp搜索,pfam中导出的是片段的话,blast时e-value值设大点,可以找到同源的蛋白序列或者本序列.库分为两种,一个是基因组库,一个是蛋白库.如果用蛋白在蛋白库中找同源,用blastp 如果用蛋白在基因库中找同源,用tblastn

cds序列查找

进行CDS分析,首先要有一段氨基酸序列(基因序列要转换成氨基酸序列),在NCBI首页上第二排链接里点BLAST,进入BLAST页面,在BLAST页面最下方的Specialized BLAST里的第三个链接(Find conserved domains in your sequence (cds))就是CDS分析,输入你的氨基酸序列,就会显示相应的结果.

如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列,在基因名称检索界面输入就好.因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的,上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字,可以通过做比对来判断,可以尝试一下用BIOEDIT对比.

cds(coding sequence)序列是编码序列,是用来编码蛋白质的那段序列.在ncbi nucleotide中输入你要查询的基因,点击查询的序列在出现的结果中,有cds 这一项,底下的核酸序列就是该基因的蛋白编码区. enjoy it!

cds序列包括什么

CDS是编码序列(Coding sequence)的缩写.DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应.CDS是编码一段蛋白产物的序列,是结构基因组学术语.开放阅读框ORF是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止密码子打断.当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么.

CDS是真正转录的区域,有UTR区和外显子(有些基因DNA存在,但不转录或不翻译,或存在可变剪切等).获得的序列可用于构建各种表达载体,以验证基因功能

CDS区之后是3'非翻译区,真核生物mRNA的3'非翻译区的功能复杂多样,不仅能调控其mRNA的稳定性、控制mRNA的亚细胞定位,而且还在特定氨基酸的编码过程中起着指导作用.一些真核生物mRNA的3'非翻译区内的突变可引起疾病的发生.近几年的研究义发现,一些真核生物mRNA的3'非翻译区还具有抑制肿瘤生长的功能.AUG之前是5'非翻译区,有帮助核糖体结合到mRNA的作用.

cds序列怎么查

进行CDS分析,首先要有一段氨基酸序列(基因序列要转换成氨基酸序列),在NCBI首页上第二排链接里点BLAST,进入BLAST页面,在BLAST页面最下方的Specialized BLAST里的第三个链接(Find conserved domains in your sequence (cds))就是CDS分析,输入你的氨基酸序列,就会显示相应的结果.

cds(coding sequence)序列是编码序列,是用来编码蛋白质的那段序列.在ncbi nucleotide中输入你要查询的基因,点击查询的序列在出现的结果中,有cds 这一项,底下的核酸序列就是该基因的蛋白编码区. enjoy it!

如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列,在基因名称检索界面输入就好.因为提交NCBI上的基因组都有预测CDS的,上面都标出每个CDS的可能功能及相应蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字,可以通过做比对来判断,可以尝试一下用BIOEDIT对比.